Hola palambre, tal vez ya lo hayas encontrado pero esta lectura puede resultarte interesante:
Convertir .MOD A MPEG2: Como Convertir Archivos De Video En Mac Y PC - Robin Good - Ultimas Noticias
Según esto, los archivos de video .MOD son solamente archivos MPEG-2 con audio AC3. Por ello te dicen lo de renombrarlos a mpg y ese es el motivo de que el Pinnacle te pida el Dolby 2CH encoding/decoding, para poder trabajar con el audio AC3. Por ello te sugiero que instales algún codec que te permita editar sonido AC3 en el Pinacle y lo deberías tener resuelto, aunque no puedo confirmar este extremo, es cosa de que lo pruebes.
Por otro lado, ambién he encontrado esta información:
En cuanto a tu pregunta para la edición a través del puerto Firewire, yo te recomiendo que hagas varias capturas en lugar de una gorda, porque siempre es más cómodo para el sistema manejar videos de menor peso.
Un saludo.
P.D.: para editar el video el pinnacle studio plus 10 recone los archivos mod (acabo de leer)