Si el inodoro lleva deposito (de agua limpia) independiente, este ya lleva su bomba sin relacion con la otra, nada que ver, respecto al trumaterm, tampoco tiene relacion con la bomba, simplemente deja que le pase el agua impulsada por dentro, nada mas.
No tengo claro que debajo del fregadero se concentren todos los interruptores de los grifos, en todo caso tienes que encontrar un cruce entre estos cables en algun lado o bien algun cruce en una caja de 12V de donde salga la linea de los interruptores de los grifos.
Podria ser que algun interruptor no se desconectara al cerrar el grifo. No se si ya lo has hecho pero desconecta un cable de cada grifo para descartar eso, la bomba se tendria que parar, en caso contrario es que lo que he comentado antes, tienes un cruce entre cables.
Respecto al transformador y sus fusibles, dejalo por que el problema precisamente no viene de aqui.
A ver que te comentan los demas.