Antes de poner ningún sellador en el perfil miraría bien de dónde viene el agua, porque pueden ser dos cosas distintas.
Si entra entre el avance y el carril porque el cordón/keder no ajusta bien, primero limpiaría a fondo el perfil y revisaría que el bordón del avance no esté aplastado, rajado o descosido. Muchas veces el agua corre por dentro del carril y sale bastante lejos del punto donde realmente entra.
Si lo que pierde es la unión del propio perfil con la pared de la caravana, entonces ya es otra historia: ahí lo suyo es desmontar el perfil y volver a sellarlo con cinta de butilo o sellador específico para caravanas. Dar silicona por fuera suele durar dos telediarios y luego además cuesta un demonio quitarla.
Yo evitaría meter Sikaflex o silicona dentro de la guía donde corre el avance. Como se pegue ahí el keder, el día que quieras sacar el avance vas a aprender palabras nuevas.
Para localizarlo haría primero una prueba con una botella o manguera echando agua por tramos pequeños del carril, empezando desde abajo. Así ves si falla el keder, una costura concreta o el sellado del perfil.