Yo en principio estoy con Ratm: veo raro hacer eso en el filtro con un golpe de una llave, que aunque se te escape, no deja de ser un "golpecito". Esos filtros son duros, para hacer esa marca prácticamente necesitas darle un martillazo.
Por la misma razón, más extraño me parece que te puedan hacer eso por el mero hecho de pasar un cable...
Pero la cuestión es que también veo raro que eso lo haga una piedra desprendida (más cuando dices que el cubrecárter no está dañado).
Entonces, ¿cómo ha podido ocurrir? Pues... se me ocurre una forma, aunque depende de dónde esté el filtro. Pero si está muy abajo del motor y casi en contacto con el cubrecárter, podría ser que hayas golpeado con los bajos en algo (una piedra, un bordillo alto... algo así). En ese caso, el cubrecárter podría haberse deformado sin dañarse aparentemente (recuperando luego su forma), pero si llega el golpe al filtro, se abolla.
Pero claro, de haber ocurrido algo así, supongo que te acordarías. Sería una de esas veces que das con los bajos en algo y se te ponen de corbata pensando qué habrás roto...